肾结石是矿物质盐的沉积，大部分造成结石的成分是草酸盐、磷酸盐或尿酸与游离钙结合而沉积，可以尿道被发现。
一般人都会以为结石与喝硬水或饮食中钙太多有关。其实，研究指出，结石与硬水无关，而是饮食当中缺乏足够的B群(尤其是B6)、镁及蛋白质三种营养素所致，且饮食当中高钙摄取反而可降低肾结石形成的可能性。
原因之一：研究指出，精制的糖类产品包括糖，会促使肾结石的形成。这些糖类刺激胰脏分泌胰岛素，结果使过剩的钙(在血糖转变成能量的过程中需要大量的钙)被排在尿液中。
原因之二：美国哈佛大学医学博士葛汉针对钙摄取量与肾结石之关连性进行的研究的结论中指出：高钙摄取反而可降低肾结石形成的可能性。人体的钙99%存于骨骼，1%存于血液、肌肉、神经系统。根据医学报导，人体40%的钙离子从水中直接吸收，而60%由食物中结合钙经咀嚼消化到小肠吸收要4～6小时，如果食物中摄取不足钙、镁，平时又喝煮过的水，或没有矿物质的软水(纯凈水)，那钙要从哪里吸收呢？答案是骨头，因为血钙的浓度要维持1%，如果血钙浓度过低，副甲状腺就不断地释放骨头里的钙。当钙摄取不足时，却从尿液里测试含有ppm的钙时，自然是从骨头里抽取，所以骨质疏松症、腰酸背痛、肌肉抽筋、脊椎弯曲变形、压迫形骨折、毁灭性骨折(骨质中空，钙流入血中)就会因此而发生。当副甲状腺从骨骼不断释放钙时，缺乏计算量的功能，造成太多的钙流入血液中，就是所谓的“游离钙”，血液中的游离钙、血液中过剩的游离钙最后会被排至尿液中(与原因之一同)，与尿酸以及食物中的草酸盐、磷酸盐结合，而在尿道沉积造成结石。因此，造成结石的原因，与其说是钙太多，探其根源则应该是与钙、镁不足有关，而与喝硬水无关，甚至刚好相反，此点常常造成一般人甚至医务人员的混淆不清。而维生素B群、镁与蛋白质与结石的关系则是：在有维生素B群的情况下，镁能帮忙减少并溶解磷酸钙所形成的结石。镁结合维生素B群也能防止草酸钙所形成的肾结石。至于过量的动物性蛋白，也会导致钙质的流失最后将跑到尿中，因此要少用动物性蛋白，而改用高质量的植物性蛋白质。至于胆结石的原因，则是饮食中缺少纤维质，造成胆固醇的结晶化，并结合胆汁形成胆结石。
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